Комиссия государств – участников Содружества Независимых Государств по использованию атомной энергии в мирных целях образована при Межгосударственном экономическом Комитете в соответствии с решением Совета глав правительств Содружества Независимых Государств от 17 января 1997 года о Перспективном плане развития сотрудничества государств – участников Содружества Независимых Государств в мирном использовании атомной энергии, повышении безопасности ядерных установок (ППР).

Решением Президиума Межгосударственного Экономического Комитета Экономического союза 29 мая 1998 г. утверждено Положение о Комиссии государств – участников Содружества Независимых Государств по использованию атомной энергии в мирных целях, в котором она является координационно-консультативным органом при Исполнительном комитете Содружества Независимых Государств (Исполком СНГ).

В 2003 г. Решением Экономического совета СНГ от 14 марта была принята новая редакция Положения о Комиссии, в которой повышен ее статус. Пункт 2 Положения о Комиссии:

«Комиссия является межправительственным координационно-консультативным органом».

На основе данного решения в сентябре 2003 г. по инициативе Исполкома СНГ было внесено изменение в п. 2 Решения СГП от 17 января 1997 г. в следующей редакции:

«Создать Комиссию государств – участников Содружества Независимых Государств по использованию атомной энергии в мирных целях».